L'Ecole thématique "Métagénomique de terrain en forêt équatoriale guyanaise" se tiendra sur la station des Nouragues du 2 au 6 avril 2024. Elle permettra à une quinzaine de scientifiques de divers laboratoires et instituts présents en Guyane de se former aux toutes dernières innovations en génomique et de monter en compétences sur les méthodes et outils de cette discipline. Cofinancé par le LabEx CEBA et France Génomique, portée par le CNRS et l’Institut Pasteur de Guyane, l'ET formera également les participants au déploiement d'un laboratoire de génomique miniature en stations de recherche éloignées afin de répondre rapidement à divers enjeux de santé ou de gestion de la biodiversité.

Métagénomique de terrain en forêt équatoriale guyanaise. Le déploiement in situ d'un laboratoire miniature permet de répondre rapidement à divers enjeux de santé, de prévention des risques environnementaux, de gestion et conservation de la biodiversité (photo © Guillaume Pimpao-Correa).

L’avènement des approches de séquençage génétique à lecture longue utilisant des instruments abordables et miniaturisés est un domaine en pleine expansion. La formation est cruciale afin de prendre en main ces technologies. Les scientifiques qui participeront à l'école thématique seront formés à préparer une variété d’échantillons et à séquencer des génomes dans des conditions de terrain. Ils développeront également leurs compétences en bio-informatique, une science qui décuple grâce aux technologies numériques les capacités d'analyse des données et des résultats obtenus.

Cette école thématique ouvrira de nouveaux horizons scientifiques et méthodologiques aux équipes de recherches guyanaises, que ce soit pour la détection plus rapide et précise des pathogènes et de leurs voies de transmissions ou pour le suivi d'espèces menacées ou d’intérêt économique.

Le groupe d'apprenants est constitué de scientifiques - chercheurs, techniciens, ingénieurs, étudiants en thèse - en poste en Guyane au sein des laboratoires de l'Institut Pasteur et de l'Université, du Centre hospitalier de Cayenne et des établissements de recherche CNRS, INRAE et IRD, ainsi que du laboratoire Hydreco. Les intervenants sont au nombre de quatre : Mathieu Chouteau, écologue au LEEISA est le porteur principal de l'ET, Sourakhata Tirera de l’Institut Pasteur de Guyane est un spécialiste de la bio-informatique appliquée aux interactions virus/hôtes, Nicolas Pollet et Isabelle Clavereau sont spécialistes de génétique moléculaire au laboratoire EGCE (Évolution, génomes, comportement et écologie) à Paris-Saclay.

"Cette technique de séquençage, ici proposée par Oxford Nanopore, est révolutionnaire, et totalement applicable en Guyane. J'ai découvert son potentiel pour mes recherches alors que cela ne m'avait paru évident avant la formation. Du séquençage à la bioinformatique, la chaîne est considérablement raccourcie ; on passe de la collecte de données aux analyses en un temps très court. le potentiel est vraiment intéressant pour le délai de réalisation des projets. " Niklas, chercheur INRAE, UMR EcoFoG, Kourou.