Fonctionnellement, le LEEISA s’organise autour de :
Trois équipes de recherche :
• Evolution et écologie de la biodiversité en Amazonie EEBA ;
• Ethnoécologie et dynamiques culturelles ETHNYC ;
• Ecosystèmes et dynamiques des espaces littoraux et côtiers EDYLIC ;
Trois pôles de plateformes d'appui, dont certaines inscrites dans des réseaux nationaux :
• "Biodiversité amazonienne", avec la station scientifique des Nouragues, un laboratoire de biologie moléculaire et le dispositif PLEEA (Plateforme d'étude expérimentale amazonienne). La station des Nouragues est membre de l’Infrastructure Nationale Biologie et Santé ANAEE France (Analyse et Expérimentation sur les Ecosystèmes), du réseau de stations d’écologie expérimentale ReNSEE, du réseau régional de dispositifs de suivis permanents forestiers en Guyane GUYAFOR, du système d’observation et d’expérimentation sur le long terme pour la recherche en environnement SOERE F-ORE-T ; L'équipe scientifique de référence est EEBA (Ecologie et évolution de la biodiversité amazonienne).
• "Interactions Hommes-Milieux", avec l’Observatoire Hommes-Milieux OHM Oyapock, membre du LabEx DRIIHM (Dispositif de Recherche Interdisciplinaire sur les Interactions Hommes-Milieux) ; L'équipe scientifique de référence est ETHNYC (Ethno-écologie et dynamiques culturelles)
• "Littoral sous influence amazonienne" adossée au Groupement de recherche GDR LiGA (Littoral de Guyane sous influence amazonienne). Cette plateforme organisée à l’origine et jusqu'en 2019 autour de la Pépinière Interdisciplinaire de Guyane sur les écosystèmes littoraux et les tortues marines et pilotée par la Mission pour l’interdisciplinarité au CNRS (MITI) a évolué vers la constitution de divers équipements : une station scientifique dans l’ouest guyanais (projet SROG), l'acquisition d'un bateau pour l'océanographie côtière, la construction d'un observatoire de la mangrove. L'équipe scientifique de référence est EDYLIC (Ecosystèmes et dynamiques des espaces littoraux et côtiers).
Les plateformes appliquent un modèle d'exploitation qui vise à financer et accueillir des projets de recherche sélectionnés annuellement.
Deux axes transversaux d’animation, lieu de croisement des compétences interdisciplinaires :
• Socio-écosystèmes et adaptation aux changements glaobaux
• Ethique et déontologie des pratiques scientifiques
Deux services d’appui
Service administratif et Cellule Communication.
La direction exécutive du LabEx CEBA
Le Laboratoire d’Excellence Centre d’Etude de la Biodiversité Amazonienne a été labellisé en 2011 par le Programme Investissements d’Avenir. Il a été renouvelé en février 2019 pour une période de 5 ans.